在液相色譜儀分析中，根據(jù)流動相和固定相相對極性的不同，可分為正相色譜和反相色譜。所謂正相色譜是指固定相極性大于流動相極性的情況，反之，固定相的極性小于流動相的極性，則稱為反相色譜。正相色譜與反相色譜的區(qū)別是什么呢？

                 

由于極性化合物更容易被極性固定相所保留，所以正相色譜系統(tǒng)一般適用于分離極性化合物，極性小的組分先流出。相反，反相色譜系統(tǒng)一般適用于分離非極性或弱極性化合物，極性大的組分先流出。因此在應(yīng)用上，正相色譜用于分離極性較大的物質(zhì)，如蛋白質(zhì)、生物堿等。反相色譜多用于分離極性較小的物質(zhì)，在流動相的選擇上，反相色譜的優(yōu)勢更大，在實(shí)際工作中反相色譜的應(yīng)用更為廣泛。
 
正相色譜用的固定相通常為硅膠，以及其他具有極性官能團(tuán)，如胺基團(tuán)和氰基團(tuán)的鍵合相填料。由于硅膠表面的硅羥基或其他團(tuán)的極性較強(qiáng)，因此，分離的次序是依據(jù)樣品中的各組份的極性大小，即極性弱的組份最先被沖洗出色譜柱。 
 
反相色譜填料常是以硅膠為基礎(chǔ)，表面鍵合有極性相對較弱的官能團(tuán)的鍵合相。反相色色譜所使用的流動相極性較強(qiáng)，通常為水，緩沖液與甲醇，已腈等混合物。反相色譜填料常是以硅膠為基礎(chǔ)，表面鍵合有極性相對較弱的官能團(tuán)的鍵合相。反相色色譜所使用的流動相極性較強(qiáng)，通常為水，緩沖液與甲醇，已腈等混合物。反相液相色譜柱效高、分離能力強(qiáng)、保留機(jī)理清楚，是液相色譜分離模式中使用最為廣泛的一種，對于生物大分子、蛋白質(zhì)及酶的分離分析，反相液相色譜正受到越來越多的關(guān)注．反相色譜法是表面非極性載體為固定相，以比固定相極性強(qiáng)的溶劑為流動相的一種液相色譜分離模式．反相色譜固定相大多是硅膠表面鍵合疏水基團(tuán)，基于樣品中的不同組分和疏水基團(tuán)之間疏水作用的不同而分離．在生物大分子分離中，

多采用離子強(qiáng)度較低的酸性水溶液，添加一定量乙腈、異丙醇或甲醇等與水互溶的有機(jī)溶劑作流動相．普通的反相色譜固定相和孔徑大于300Å的硅膠鍵合烷基固定相應(yīng)用較為普遍，聚合物基質(zhì)的反相色譜固定相也有較多應(yīng)用.